يتحدث المسلسل عن المتحري طالب الثانوية سينشي كودو، بينما كان مع صديقة طفولتة ران موري في مدينة الملاهي لمح رجلًا يرتدي ملابس سوداء يقوم بأعمال مريبة شك فيها فتبعه، وبينما كان منشغل في مراقبة الصفقة السرية التي كان يجريها هاجمه شريكه من الخلف ولم ينتبه له.
أجبروه على تناول عقار سام ثم هربوا, وعندما استيقظ كان جسده قد تقلص، إن علمت المنظمة أنه مازال حيًّا فكل الذين من حوله سيكونون في خطر، ساعده الدكتور أغاسا في إخفاء شخصيته، وعندما سألتنه ران عن اسمه أجابها كونان إيدوجاوا، ولكي يبحث عن رجال المنظمة السوداء قرر الذهاب للعيش عند والد ران لأنه يملك وكالة للتحريات.